Doğa Tarihi Müzesi’nde unutulmaz anıları olan Larry Daley’in gece bekçiliği görevi, şimdilerde onun oğlu Nick’e geçmiştir. Yaz tatili boyunca Doğa Tarihi Müzesi’nde gece bekçiliği yapacak olan Nick, babasının buradaki sıradışı arkadaşlarını tanıdığı için kısa süre içerisinde yeni işine alışmıştır. Burada Teddy, Sacagawea ve Rex ile birlikte güzel vakit geçiren Nick, kısa süre sonra büyük bir hata yapacaktır. Bir gece bodrum kapısını kilitlemeyi unutmasıyla birlikte Kahmunrah’ın ve onun Ölüler Ordusu’nun ortaya çıkmasına neden olduğunu fark eden Nick, bu kötü düşmanı durdurabilmek için amansız bir maceraya girişecektir.