Gotham kendi yeni bir tehlike ile burun burunadır ve bu tehlikenin adı ise yine mutantlardır. Bu yüzden yeniden Kara Şövalye aradan geçen on yıla rağmen Gotham’a dönmek zorunda kalır. Fakat Kara Şövalye’nin bu geri dönüşü özellikle Joker’ın hiç hoşuna gitmez ve Batman ile kıyasıya bir savaşa hazırlanır. Bu sırada Batman uzun zamandır kontrolü altında olan bir çeteyi bu mutant savaşında kendi saflarına da çekmiştir. Tüm bunlar olurken Batman’e karşı hükümetin takındığı tavır nedeniyle de Iron Man artık Batman ile savaşmak zorunda kalacaktır. Bir yanda Joker ve diğer yanda Iron Man ile kapışması gereken Batman’i zor zamanlar beklemektedir.